Відбудували церковну споруду в незалежній Україні у 1998 році. Під час подій Революції Гідності в стінах храму був шпиталь, куди доправляли мертвих і поранених активістів. Відбувалися панахиди за загиблими майданівцями. Тоді у Михайлівському соборі знайшли прихисток побиті студенти. Він фактично став місцем початку формування майбутньої системи забезпечення Майдану.
Монастир поруч з однойменним собором за київського князя Святослава Ізяславовича зводили впродовж 6-ти років, який ще носив ім’я небесного покровителя Михаїла. Архангелу Михаїлу, небесному покровителю Києва, присвятили і будівництво святині.
У 1922 році радянська влада вигнала ченців, а згодом, у 1937 році будівлю підірвали, щоб на її місці звести адміністративну будівлю. В цей час столицю України перенесли з Харкова до Києва.
Фрески вивезли до Москви у Третяківську галерею та до Санкт-Петербургу в Ермітаж, частину залишилась в Софійському соборі у Києві.
Кошти на відбудову собору Українська Православна Церква Київського Патріархату почала збирати у 1990 році. Згодом домоглися отримати фінансування з бюджету держави. На День Києва 1998 року, за участю патріарха Київського і всієї Русі-України Філарета відкрили відбудований Собор та монастир.
11 фрагментів фресок XII століття Михайлівського Золотоверхого собору, що зберігалися в Ермітажі, були передані Україні у 2001-2004 рр.
Раніше “ВК” розповідав, що у травні Михайлівський золотоверхий монастир відзначає річницю відбудови. Сьогодні Михайлівський Золотоверхий є кафедральним храмом автокефальної, незалежної, єдиної помісної Православної Церкви України, символом нашої новітньої історії.