Генерал-лейтенант, заступник голови Служби безпеки України з 17 липня 2017 року до 3 червня 2019 року. Депутат Київської міської ради.
У 1999 році закінчив філологічний факультет Черкаського державного університету ім. Богдана Хмельницького, в 2006 році — Національну академію СБУ.
З 2009 року займав посаду начальника Головного відділу захисту національної державності (Департаменту «Т») при Черкаському УСБУ — з контролю за політичними партіями і процесами, а у 2013—2014 роках був заступником начальника Управління СБУ в Черкаській області.
У березні 2014 Президія Народної Ради Черкаської області рекомендувала Кабінету Міністрів України призначити Кононенко главою УСБУ в Черкаській області. З березня 2014 року був першим заступником начальника Управління СБУ в Черкаській області.
14 лютого 2017 року очолив Департамент захисту національної державності (Департамент «Т») СБУ.
10 липня 2017 року призначений заступником голови СБУ указом президента.
23 березня 2018 року присвоєно військове звання генерал-лейтенант.
Одружений, має доньку та сина.