Василь Липківський походив із давньої священницької родини. Навчався в Уманському духовному училищі, після закінчення Київської духовної семінарії був направлений в Київську духовну академію, здобув учений ступінь кандидата богослов’я. Після висвячення на священика (1891) опікувався церковнослов’янськими школами. Деякий час очолював Київську церковно-вчительську школу.
Виступав проти безправ’я церковних громад і свавілля вищого духовенства, розцінював російську церкву як інструмент виховання лояльного ставлення українців та інших підкорених народів до імперії. Активно включився в український культурно-релігійний рух. Був усунутий від викладання в 1905-му за ліберальні погляди й “українофільство”, перебував під постійним наглядом поліції.
Розмірковуючи над шляхами реформування церковного життя, став одним із фундаторів “Братства воскресіння Христа”, утвореного для здобуття автокефалії. Наприкінці 1917-го було створено оргкомітет для скликання Веукраїнського церковного собору. Запланований на 7 січня 1918-го, собор через російську агресію кілька разів переносився. Гетьман Павло Скоропадський та Директорія УНР проголошували автономію УПЦ, однак політичні обставини не дозволяли реалізувати ці рішення. Перший Всеукраїнський православний церковний собор (1918) навіть позбавив делегатських мандатів Василя Липківського та інших прихильників автономії. Однак другий собор (1919) ухвалив розпочати утворення українських парафій. Василь Липківський відслужив першу літургію українською мовою в київському Микільському соборі, став настоятелем Софійського собору, утворював українські парафії, перекладав на рідну мову богословські та літургійні тексти. Ієрархи РПЦ позбавляли його духовного сану, однак Всеукраїнська православна церковна рада взяла курс на створення власного єпископату, не вважаючи російський за своїх архіпастирів.
Перший Всеукраїнський церковний собор зібрався в Софії Київській 14 жовтня 1921-го і проголосив автокефалію УПЦ. Перехід Київської церкви під зверхність Московського патріархату 1686-го визнано неканонічним, богослужіння мали вестися української мовою. Василя Липківського майже одноголосно обрано митрополитом Київським і всієї України.
“Не нову церкву для нашого народу ми утворюємо – ми відновлюємо ту рідну нашу церкву, за яку предки наші страждали, за яку життя своє покладали, могилами матір-Україну покривали”, – наголошував митрополит у проповідях.
Більшовицька влада, занепокоєна успіхами української церкви, взяла курс на розкол українського православ’я. Останні роки провів у злиднях, під постійним наглядом спецслужб. Живучи впроголодь, писав “Історію Української Православної Церкви” (збереглася завдяки тому, що її вдалося передати на Захід), займався перекладами, вів широке листування. У вересні 1937-го його запросили очолити Українську церкву в Канаді. Однак реалізувати задум завадив черговий арешт 22 жовтня. За місяць особлива трійка при Київському управлінні НКВД засудила до найвищої міри покарання за “антирадянську агітацію у великих розмірах”.
Розстріляний 27 листопада 1937-го в Києві. Вірогідно, похований в Биківнянському лісі під Києвом. На Лук’янівському кладовищі встановлено пам’ятний хрест.
Відновлення УАПЦ в Україні проголошено на Всеукраїнському Православному Соборі 6 червня 1990-го. А в 1997-му Собор УАПЦ канонізував Василя Липківського та інших церковних мучеників 20-30-х років, днем їх пам’яті обрано 27 листопада.